1624년(인조 2) 이괄(李适)의 난 때 인조가 난을 피하여 이 곳에 머무르다가 난이 평정되었다는 소식을 듣고 이 곳에 있던 두 그루의 나무에 대부작(大夫爵)을 명하고 성을 쌍수산성(雙樹山城)이라고 하였다.
1709년(숙종 35) 이선부(李善溥)가 관찰사로 부임하여 공주 쌍수산성기적비를 건립하고 비각을 건축하였으며, 1735년(영조 11) 이수항(李壽沆)이 관찰사로 부임하여 삼가정(三架亭)을 창건한 것이 곧 쌍수정이다.
그 뒤 1788년(정조 12) 관찰사 홍억(洪檍)이 대지를 평탄하게 한 뒤 중건하였으며, 1903년 관찰사 홍승헌(洪承憲)이 수축한 것이 현재의 쌍수정이고 그 뒤에도 몇 차례 보수를 한 바 있다. 지금도 정자 앞에 느티나무와 말채나무가 한 그루씩 있다.
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